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12月9日，國務院常務會議通過了決定，將授權滬深交易所在證券法修改之前實行注冊制，此舉在加強注冊制預期的同時，也將會對新三板市場造成沖擊。新三板將需要更多制度紅利才能和滬深交易所站在同一起跑線上。
根據會議，待全國人大常委會授權后，有關部門將制定相關規則，在公開征求意見后實施。這意味著如果人大在本月下旬通過提議，注冊制將能很快推出。
一名券商新三板研究員對《第一財經日報》稱，注冊制利空新三板，其推出將會給新三板帶來沖擊。不僅市場增量企業會選擇上主板，存量優質掛牌公司也會轉到主板。
由于實行類似于注冊制的掛牌準入制度，以及備案制的融資制度，新三板自2013年擴容后吸引了大批企業入駐，包括不少具有上市資格、但在排隊等待IPO的公司。截至周三，新三板掛牌企業數量已經達到4581家，其中做市企業1033家。市場預計，今年底掛牌企業總數將突破5000家，到明年底有望沖擊萬家大關。
不過，新三板市場流動性遠遠低于A股，周三市場成交總金額僅有10.8億元。由于流動性溢價不足，目前，新三板市場平均市盈率在47倍左右，低于創業板105倍的估值。因此，新三板上的優質企業往往以上市為更高目標，可能在主板IPO重啟和注冊制實施后用腳投票。
中信建投新三板業務負責人李旭東稱，注冊制對新三板并非意味著災難，相反，只有主板真正實現市場化準入后，新三板在交易方面才有可能實質改善。“我認為只有主板市場實施了注冊制之后，新三板的春天才會到來，那時三個市場會在公平的基礎上進行良性的競爭。”
安信證券研究負責人諸海濱亦稱，注冊制對新三板是利好，目前新三板很多政策紅利被延后正是擔心會對主板形成沖擊。注冊制落地會有助于新三板實施接下來的政策紅利，包括連續競價、降低投資人門檻等。
11月24日，全國股轉公司發布了分層方案的征求意見稿，按照三套標準，將數量眾多的掛牌企業分為基礎層和創新層。創新層公司將享受到諸多融資上的便利，將突破定增中新增股東人數35人的限制。
不過，根據證監會11月20日發布的推進股轉發展意見，連續競價、降低投資人門檻和做市商擴容等尚不在監管者考慮范圍之內。股轉公司副總經理隋強在分層方案發布時表示，是否降低投資者門檻需要考慮市場發展階段以及掛牌股票風險特性，但股轉公司會研究在某個層次降門檻的可行性。
一名新三板投資機構人士對《第一財經日報》稱：“主板注冊制落地對新三板影響偏于中性，二者是獨立板塊，標的和投資者定位都不同，不會直接沖突。即使注冊制實施，也會有比較嚴格的聆訊制，但新三板制度很寬松也更加靈活。”